В 80-х годах Боттичелли написал большое количество мадонн, среди которых особенной известностью пользуется тондо, называемое обычно «Маньификат» — «Величание Мадонны» (1483— 1485 гг.). С тонким чувством ритма вписал здесь художник в форму круга фигуры мадонны, младенца и пяти ангелов. Красочная гамма картины строится на сочетании малинового, красного, синего, сиреневого цветов и золота.

В последний период творчества Боттичелли болезненное беспокойство художника сменяется настроением мрачного отчаяния, связанного изгнанием Мидичи и проповедями Савонаролы, ставшего фактическим главой Флорентийской республики. В это время проявился с особенной очевидностью бескомпромиссный фанатизм доминиканского проповедника. Обличая папство и светских правителей, он вместе с тем обрушивался и на проникнутую жизнерадостным светским духом культуру Ренессанса, призывая вернуться к аскетизму средневековья. Рассказывают, что при Савонароле во Флоренции устраивались костры, где сжигались предметы роскоши, украшения, даже произведения искусства.

Несомненно, грозные пророчества Савонаролы, а затем его трагическая смерть (он был обвинен в ереси и казнен во Флоренции в 1498 году) произвели сильное впечатление на Боттичелли. В последних его работах — двух изображениях «Пьеты» (обе около 1500 г.) и в картине «Покинутая» (около 1490 г.) звучат трагические ноты отчаяния. Глухие каменные стены, сдержанный колорит, резкая напряженность движений сменяют изящество, богатство красок и праздничную нарядность его прежних картин.