Официально поисковая машина Яндекс была анонсирована на выставке Softool 23 сентября 1997 года. Среди основных отличительных черт yandex.ru на тот момент находилась проверка уникальности документов (исключение копий в разных кодировках), учет морфологии русского языка (в том числе и поиск по точной словоформе), поиск с учетом расстояния (в том числе в пределах абзаца, точное словосочетание), тщательно разработанный алгоритм оценки релевантности, учитывающий не только количество слов запроса, найденных в тексте, но и «контрастность» слова (его относительную частоту для данного документа), расстояние между словами, и положение слова в документе.
Буквально через два месяца, в ноябре 1997 года, Yandex дал ответ на первый поисковый запрос.
Быстрорастущий ежегодный объём пользователей и издателей Рунет привёл к тому, что Yandex создал нового поискового робота, который позволил оптимизировать и ускорить обход сайтов Рунета. У его пользователей появились новые возможности, среди которых стали такие, как поиск по разным зонам текста (заголовкам, ссылкам, аннотациям, адресам, подписям к картинкам), ограничение поиска на группу сайтов, поиск по ссылкам и изображениям, выделение документов на русском языке.
Появился поиск в категориях, на сегодняшний день популярного каталога Yandex. Впервые в Рунете было введено понятие «индекс цитирования» — количество ресурсов, ссылающихся на данный.
Сама компания «Яндекс» была образована в 2000 году акционерами CompTek — компании, создавшей и в течение долгого времени развивавшей проект Яndex.. Так же компания ru-Net Holdings инвестировала 5 миллионов 280 тысяч долларов и получила в новой компании долю в 35,72 %. В число акционеров вошли также менеджмент и ведущие разработчики поисковой системы. Генеральным директором был назначен Аркадий Волож. Были открыты Яндекс.Почта, Яндекс.Новости, Яндекс.Открытки, Яндекс.Закладки, и даже «аскетический Яндекс», а так же множество других сервисов.
Главная отличительная особенность Яндекса — возможность точной настройки поискового запроса, которая реализована за счёт гибкого языка запросов. До того момента, как Яндекс попал в зону интереса ФСБ, он был весьма не плох. Теперь его идея почти уничтожена тоталитарной цензурой всевозрастающего диктата в России.
Само слово Яндекс придумали в 1993 году, а публично оно было произнесено в 1996 году и означало тогда не компанию и не поисковую машину, а технологию поиска по собственному серверу и морфологическую приставку к поисковой системе Altavista.com.
В мае 2017 года, согласно Указа Президента Украины, данная поисковая система и ряд её сервисов были заблокированы для украинской аудитории. Официальными представителями по безопасности высказано мнение, что её ресурсы стали использоваться агрессором в лице РФ, для враждебных целей.